Посредством заключения фиктивных контрактов и перевода денежных средств на счета иностранных компаний «Туринвест Сервисиз Лимитед» и «Фромарк Инвестментс Лимитед», а также растраты свыше 200 миллионов рублей при приобретении паромов для Керченской переправы (обвинение по этим эпизодам выдвинуто в адрес экс-замминистра обороны РФ Тимура Иванова), объединено дело о хищении облигаций федерального займа, принадлежавших кредитной организации.
Эти бумаги хранятся на депозитарном счете Raiffeisen Bank International № 12467, который открыт в Clearstream Banking S.A., находящемся в Люксембурге, а также на депозитарном счете Clearstream Banking S.A. № TF 130426 0025, открытом в небанковской кредитной организации Акционерном обществе «Национальный расчетный депозитарий».
По обоим делам проходит бывший председатель правления «Интеркоммерца» Александр Бугаевский, который сбежал в Чехию еще в феврале 2016 года. Этот банкир был объявлен в международный розыск и задержан правоохранительными органами Чехии 25 января 2018 года.
Спустя месяц Генпрокуратура России по дипломатическим каналам направила запрос о выдаче Бугаевского для уголовного преследования. 25 сентября 2019 года Минюст Чехии сообщил, что беглый банкир не может быть выдан из-за своего иммиграционного статуса. В соответствии с чешским законодательством предоставить более подробную информацию не представляется возможным.
С так называемым основным делом хищения у «Интеркоммерца» в 2018 году было соединено новое, фигурантом которого стал генеральный директор ООО «Оборонлогистика» и бывший подчиненный Тимура Иванова Антон Филатов, обвиняемый в особо крупной растрате. Защита последнего в конце сентября жаловалась на волокиту в ходе расследования. В конце сентября, когда суд рассматривал ходатайство следствия об очередном продлении ареста Филатову, адвокат заявлял, что его подзащитный «положительно характеризуется, трудоустроен, имеет на иждивении мать преклонного возраста, за которой требуется уход, страдает заболеваниями и нуждается в лечении, указали, что предварительное следствие организовано не эффективно и по уголовному делу усматривается волокита». Суд волокиты в деле не усмотрел и продлил арест Филатова до 3 декабря. Срок следствия продлен до 30 декабря.
Следственные действия по уголовному делу в отношении Филатова, не проводившиеся на протяжении пяти лет, возобновились в день задержания его патрона Тимура Иванова 26 апреля. Тогда же Филатов, чье уголовное дело было возбуждено еще в 2018 году, был арестован Басманным судом.
Будучи сперва под домашним арестом, а с 11 апреля 2019 года – под подпиской о невыезде и надлежащем поведении, бывший подчиненный Иванова регулярно выезжал за пределы России, а в апреле 2024 года был в командировке в Китае, по возвращении из которой его препроводили в суд для того, чтобы отправить в СИЗО. Защита при рассмотрении жалобы на арест Филатова настаивала на том, что заграничные поездки совершались с ведома следователя, но суд подтверждения этому не нашел.
